Sede di un castello appartenente al vescovo di Sion, è menzionata per la prima volta nel 1052. A partire dal XII secolo, la cittadina fu sotto il controllo della Savoia, che la mantenne fino al 1475, trasformandola in uno dei principali centri commerciali e militari della regione del Vallese.

Le origini del borgo risalgono a tempi molto antichi. Durante il mesolitico (circa 10.000 – 5.500 a.C.), i cacciatori potrebbero aver abitato la zona, anche se gli scavi della prima metà del XX secolo non hanno confermato la loro presenza. Nel Neolitico, il sito era già abitato, come testimoniano i ritrovamenti della tomba dei Bourneaux, datata circa 4000 a.C., e altre tombe risalenti all’età del bronzo ai piedi della collina, tra il fiume Salentze e i Bourneaux. Inoltre, i resti di una villa romana del II secolo, rinvenuti vicino al fiume Salentze, indicano che la zona era di grande importanza anche durante l’epoca romana. Nel VI secolo, fu costruito il primo santuario cristiano di Saillon. Le fondamenta della chiesa carolingia che vi sorgeva sono ancora visibili, e il coro, rielaborato nel tempo, costituisce l’attuale Cappella di San Lorenzo. Con l’instabilità che seguì la fine dell’impero di Carlo Magno, la popolazione si spostò sulla collina, più facilmente difendibile. Nel 1052, il castello di Saillon era già una proprietà del vescovo Aymon di Savoia, e la sua posizione strategica attrasse la Savoia, che se ne impadronì all’inizio del XIII secolo. Nel 1260, il duca Pierre II fece rafforzare le difese e costruire il mastio Bayart. Sotto il dominio dei duchi di Savoia, Saillon aveva l’ambizione di diventare un centro commerciale che avrebbe fatto ombra alla vicina Sion, sotto il controllo del vescovo. Tuttavia, questa ambizione svanì nel 1475, quando i patrioti dell’Alto Vallese, durante un periodo di instabilità, conquistarono il Basso Vallese e distrussero i castelli sabaudi, tra cui quello di Saillon, che venne incendiato. Da quel momento, il villaggio tornò a essere un tranquillo centro rurale, lontano dalle ambizioni militari e commerciali del passato.