Siège d’un château appartenant à l’évêque de Sion, elle est mentionnée pour la première fois en 1052. Dès le XIIe siècle, la ville passe sous le contrôle de la Savoie, qui la conserve jusqu’en 1475 et en fait l’un des principaux centres commerciaux et militaires du Valais.

Les origines de la ville remontent à des temps très anciens. Au cours de la période mésolithique (environ 10 000 – 5 500 av. J.-C.), il est possible que des chasseurs aient habité la région, bien que les fouilles de la première moitié du XXe siècle n’aient pas permis de confirmer leur présence. Au Néolithique, le site était déjà habité, comme en témoignent les découvertes de la tombe des Bourneaux, datée d’environ 4 000 ans avant J.-C., et d’autres tombes de l’âge du bronze au pied de la colline, entre la rivière Salentze et les Bourneaux. En outre, les vestiges d’une villa romaine du IIe siècle, découverts près de la Salentze, indiquent que la région était également très importante à l’époque romaine. Au VIe siècle, le premier sanctuaire chrétien a été construit à Saillon. Les fondations de l’église carolingienne qui s’y trouvait sont encore visibles et le chœur, remanié au fil du temps, forme l’actuelle chapelle Saint-Laurent. Avec l’instabilité qui suit la fin de l’empire de Charlemagne, la population se déplace sur la colline, plus facile à défendre. En 1052, le château de Saillon est déjà la propriété de l’évêque Aymon de Savoie et sa position stratégique attire la Savoie qui en prend possession au début du XIIIe siècle. En 1260, le duc Pierre II fait renforcer les défenses et construire le donjon du Bayart. Sous le règne des ducs de Savoie, Saillon a l’ambition de devenir un centre commercial qui ferait de l’ombre à la ville voisine de Sion, sous le contrôle de l’évêque. Mais cette ambition disparaît en 1475, lorsque les patriotes du Haut-Valais, en pleine période d’instabilité, conquièrent le Bas-Valais et détruisent les châteaux savoyards, dont celui de Saillon, qui est incendié. Dès lors, le village redevient un centre rural tranquille, loin des ambitions militaires et commerciales du passé.