Der Sitz einer Burg des Bischofs von Sion wird erstmals 1052 erwähnt. Ab dem 12. Jahrhundert stand die Stadt unter der Kontrolle der Savoyer, die sie bis 1475 hielten und sie zu einem der wichtigsten Handels- und Militärzentren des Wallis machten.

Die Ursprünge der Stadt gehen auf sehr alte Zeiten zurück. Während des Mesolithikums (ca. 10.000 – 5.500 v. Chr.) könnten Jäger in der Gegend gelebt haben, obwohl Ausgrabungen in der ersten Hälfte des 20. In der Jungsteinzeit war der Ort bereits bewohnt, wie die Funde des Bourneaux-Grabes, das auf ca. 4.000 v. Chr. datiert wird, und anderer bronzezeitlicher Gräber am Fusse des Hügels, zwischen dem Fluss Salentze und den Bourneaux, belegen. Ausserdem deuten die Überreste einer römischen Villa aus dem 2. Jahrhundert, die in der Nähe des Flusses Salentze gefunden wurden, darauf hin, dass die Gegend auch in der Römerzeit von grosser Bedeutung war. Im 6. Jahrhundert wurde das erste christliche Heiligtum in Saillon errichtet. Die Fundamente der karolingischen Kirche, die dort stand, sind noch immer sichtbar und der Chor, der im Laufe der Zeit überarbeitet wurde, bildet die heutige Sankt-Lorenz-Kapelle. Mit der Instabilität, die auf das Ende des Reiches Karls des Grossen folgte, zog die Bevölkerung auf den Hügel, der leichter zu verteidigen war. Im Jahr 1052 war das Schloss Saillon bereits im Besitz des Bischofs Aymon von Savoyen, und seine strategische Lage zog die Savoyer an, die es zu Beginn des 13. Jahrhunderts in Besitz nahmen. 1260 liess Herzog Pierre II. die Verteidigungsanlagen verstärken und den Bergfried Bayart errichten. Unter der Herrschaft der Herzöge von Savoyen hatte Saillon den Ehrgeiz, ein Handelszentrum zu werden, das das nahe gelegene Sion, das unter der Kontrolle des Bischofs stand, in den Schatten stellen würde. Dieser Ehrgeiz verschwand jedoch 1475, als die Oberwalliser Patrioten in einer Zeit der Instabilität das Unterwallis eroberten und die savoyischen Schlösser zerstörten, darunter auch das von Saillon, das niedergebrannt wurde. Von da an kehrte das Dorf zu einem ruhigen ländlichen Zentrum zurück, weit entfernt von den militärischen und kommerziellen Ambitionen der Vergangenheit.