Capoluogo dell’Ajoie, ha conosciuto una certa importanza fin dal XI secolo, grazie alla sua posizione strategica. Già in quel periodo, esistevano due chiese, e la città divenne successivamente parte dei domini dei conti di Ferrette e dei signori di Montbéliard, per poi passare nel 1271 sotto il controllo del vescovo di Basilea.

Nel corso del tempo, la città fu sempre più influenzata dalla Chiesa, e dopo la Riforma divenne la residenza dei vescovi principi di Basilea fino al 1792. Il centro storico di Porrentruy, protetto naturalmente dalla biforcazione del fiume, ha una pianta allungata, con il Faubourg che si sviluppa ai piedi del castello. Tra le poche vestigia delle antiche fortificazioni, spicca la “Porte de France”, costruita nel 1563. La chiesa parrocchiale di San Pietro, una basilica gotica costruita a metà del XIV secolo, rappresenta uno dei principali luoghi di culto della città. A est della città vecchia si trova la chiesa di San Germano, risalente all’inizio del XIII secolo, con la sua navata che fu estesa e affrescata nel 1698. Più a sud, l’antica chiesa dei Gesuiti è oggi adibita ad aula magna della scuola cantonale. Il castello di Porrentruy, che domina la città, conserva la torre Réfouse, un edificio del primo XIII secolo. Alla fine del XVI secolo, il vescovo Christoph Blarer fece costruire la Residence, la Chancellerie e la Tour du Coq, quest’ultima ornata con il gallo, simbolo del vescovo.

Il municipio di Porrentruy, situato lungo la rue du Marché, presenta una facciata che mescola l’elegante architettura francese con gli elementi vivaci del barocco tedesco-meridionale. Un altro esempio di questa fusione stilistica è l’antico ospedale, costruito tra il 1761 e il 1765, che oggi ospita un museo con una modesta collezione di storia locale e una raccolta farmaceutica. Nei pressi del municipio si trova anche la Schweizerbrunnen, una fontana del 1518 che raffigura un cinghiale, animale che appare nello stemma della città. Infine, il giardino botanico della Scuola cantonale, fondato nel 1795 dal rivoluzionario Lémane, aggiunge un ulteriore punto di interesse alla città.